基础医学部于2004年在原漳州卫生学校形态教研组和机能教研组基础上组建，基础医学部是学院实施基础医学教育的重要部门，承担全院临床医学、护理、药学等18个专业的专科全日制学生、成人教育学生的基础医学课程的教学任务，还承担医学检验技术专业、卫生检验与检疫技术专业、口腔医学专业的部分专业课程。
　　基础医学部设有5室、1中心、3馆、1站。5室：人体解剖学与组织胚胎学教研室、生理学教研室、病原生物与免疫学教研室、病理学教研室、生物化学教研室；1中心：实验中心；3馆：数字人体解剖馆、人体生命科学馆、医学伦理教育馆；1站：遗体捐献接受站。